A lo largo de los años, Yu-Gi-Oh! ha tenido muchas cartas prohibidas en torneos oficiales debido a su poder desbalanceado, pero algunas de ellas han sido eliminadas por razones más misteriosas. Entre las más polémicas está Chaos Emperor Dragon - Envoy of the End, una carta que podía borrar la mano y el campo del oponente en un solo movimiento, causando partidas injustas .Otras, como Victory Dragon, fueron vetadas porque permitían ganar el duelo automáticamente si atacaban con éxito. Incluso hay cartas como Sixth Sense, cuyo efecto de robar cartas era tan exagerado que muchos la consideran la carta más rota jamás creada. Estas prohibiciones han generado teorías entre los jugadores, quienes creen que algunas cartas fueron diseñadas para ser "demasiado perfectas" y luego retiradas intencionalmente para controlar el meta del juego.