Los delfines de río se encuentran entre las especies en mayor peligro de extinción entre todos los cetáceos del mundo. Los delfines rosados conforman la mayor población de delfines de río que existe porque las otras cuatro especies -en el Ganges (India), el Indo (Pakistán), el Yangtse (China) y en el Río de la Plata (entre Argentina y Uruguay)- están extintas o también peligra su supervivencia.

La Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN) clasificó al delfín del río Amazonas como especie amenazada vulnerable y recientemente fue clasificado como especie amenazada en peligro.

Cerca de las minas de oro, donde el mercurio se utiliza como parte del proceso de extracción, el aumento en los niveles de contaminación en el río es notable y destructivo, ya que ha incrementado el número de muertes del delfín rosado.

La destrucción acelerada de la cuenca del Amazonas los ha puesto en peligro en varias ocasiones, al igual que la pesca y la tala de arboles acelerada .Además, el tráfico del río es otro gran problema, ya que al ser entes curiosos se acercan a los barcos donde son afectados por las hélices.

Por otra parte el ruido producido por motores, máquinas y contaminación acústica, resulta desconcertante para los sistemas de navegación de los delfines rosados, causándoles la muerte a muchos de ellos.