Parte 2: Shippuden (Naruto: Shippuden)
Tras dos años y medio de entrenamiento, Naruto regresa a Konoha, mucho más fuerte y maduro. Durante este período, la serie toma un tono más oscuro y profundo, con una mayor exploración de los conflictos internos de los personajes .
En este arco, Naruto se encuentra con muchos personajes poderosos, como Pain, el líder de Akatsuki, quien tiene la capacidad de destruir toda la aldea con sus habilidades y, finalmente, se enfrenta a Madara Uchiha, el líder histórico de los Uchiha y uno de los villanos más poderosos. Madara busca desatar el Tsukuyomi Infinito, un genjutsu (técnica mental) global para controlar a toda la humanidad.
A lo largo de esta segunda parte, Naruto no solo enfrenta enemigos poderosos, sino que también trata con sus propios sentimientos y miedos. Su principal deseo sigue siendo el de ganar la aceptación y el reconocimiento de los demás, y salvar a sus amigos, en especial a Sasuke, a quien sigue buscando para traerlo de vuelta a Konoha.
El viaje de Sasuke y la guerra
Sasuke, quien finalmente se vuelve más oscuro y decidido a vengar la destrucción de su clan, se convierte en uno de los principales antagonistas de la serie. Su venganza contra su hermano Itachi y la posterior búsqueda de poder lo llevan a tomar decisiones que ponen en peligro la paz del mundo ninja.
El conflicto llega a su punto culminante con la Cuarta Gran Guerra Ninja, una batalla masiva que involucra a todas las aldeas ninjas contra el ejército de Zetsu, Madara Uchiha y el regreso de Obito Uchiha, otro de los grandes villanos. La guerra es brutal y tiene enormes consecuencias, pero también permite que Naruto y sus aliados crezcan y se enfrenten a sus demonios internos.