Flashpoint comienza con Barry Allen despertando en una realidad alternativa donde no es el velocista escarlata. Confundido, se da cuenta de que su madre, Nora, está viva, pero su vida como superhéroe ha desaparecido por completo .
Al investigar, Barry descubre que Gotham City es un lugar caótico. Allí, se encuentra con un Batman que actúa de manera violenta y brutal, quien resulta ser Thomas Wayne, el padre de Bruce Wayne. En esta línea de tiempo, Bruce fue asesinado de niño, lo que llevó a Thomas a convertirse en el héroe de Gotham.
Mientras Barry intenta entender esta nueva realidad, se entera de que el mundo está al borde de la destrucción debido a una guerra entre Aquaman y Wonder Woman. Aquaman ha invadido Europa, mientras que Wonder Woman busca expandir su imperio, lo que ha generado un conflicto global devastador.
Barry busca la ayuda de sus antiguos aliados, pero descubre que muchos de ellos han cambiado drásticamente. Cyborg, por ejemplo, se ha convertido en un héroe reconocido, mientras que Green Lantern no existe en absoluto. A medida que avanza, Barry intenta convencer a Thomas Wayne de que le ayude a restaurar el orden en el mundo.
Durante su búsqueda, Barry se da cuenta de que su propia intervención en el tiempo al intentar salvar a su madre es la causa de esta realidad distorsionada. Su viaje para cambiar el pasado ha tenido consecuencias catastróficas que han alterado el curso de la historia.
Enfrentándose a Eobard Thawne, conocido como Reverse-Flash, Barry descubre que Thawne ha manipulado su deseo de cambiar el pasado para crear el Flashpoint. Thawne disfruta del sufrimiento que ha generado en este nuevo mundo, lo que añade más tensión a la situación.
Barry se enfrenta a un dilema moral: puede restaurar la línea de tiempo original, pero eso significaría perder a su madre nuevamente. Esta lucha interna refleja las implicaciones de sus decisiones y el profundo amor que siente por su familia.
A medida que la historia avanza, Barry y Thomas Wayne unen fuerzas para enfrentarse a los poderes en conflicto, incluidos Aquaman y Wonder Woman. La batalla es intensa y muestra el costo de las decisiones que Barry ha tomado en el pasado.
Al final, Barry decide que debe hacer el sacrificio de devolver todo a la normalidad. Usando su velocidad, reinicia la línea de tiempo, lo que implica aceptar la pérdida de su madre y las consecuencias de sus acciones. Aunque regresa a su tiempo original, los efectos del Flashpoint dejan cicatrices en el universo DC, abriendo la puerta a nuevos conflictos y cambios en las historias de los héroes.
