Doctor Manhattan, cuyo verdadero nombre es Jonathan Osterman, era un físico brillante que trabajaba en un laboratorio de energía nuclear. En 1959, mientras estaba en un experimento, su cuerpo fue desintegrado accidentalmente por un dispositivo llamado "compuerta de experimentación".
Su desintegración lo llevó a una transformación extraordinaria .
A medida que se convirtió en una figura pública, Doctor Manhattan se transformó en un símbolo de poder para Estados Unidos. Su intervención en la Guerra de Vietnam fue decisiva; ayudó a los estadounidenses a ganar la guerra rápidamente, alterando el curso de la historia.
Sin embargo, su creciente fama tuvo un costo en su vida personal. Su relación con Laurie Juspeczyk, conocida como Silk Spectre, se volvió complicada. A medida que Doctor Manhattan se distanciaba emocionalmente, Laurie se sentía cada vez más alejada de él.
En 1975, tras un evento trágico, Doctor Manhattan se sintió incomprendido y decidió exiliarse a Marte. Allí, reflexionó sobre su existencia y el significado de la vida, aislándose del mundo.
Cuando comenzó la investigación del asesinato del Comediante, Rorschach se dirigió a Doctor Manhattan en Marte para pedirle ayuda. Aunque inicialmente se resistía a regresar, los acontecimientos lo arrastraron de nuevo a la realidad.
Al descubrir el plan de Ozymandias para unir a la humanidad creando un enemigo común, Doctor Manhattan enfrentó un dilema sobre su papel en el destino del mundo.
En el clímax de la historia, Doctor Manhattan se enfrentó a Ozymandias y decidió no interferir en sus planes. Tras el ataque que causó la muerte de millones en Nueva York, comprendió las consecuencias de sus decisiones.
Al final, Doctor Manhattan aceptó que la verdad sobre el ataque debía permanecer oculta para preservar la paz mundial. Rorschach, que se negaba a guardar el secreto, fue asesinado por Doctor Manhattan para proteger esa paz.
Finalmente, Doctor Manhattan dejó el planeta, convirtiéndose en una figura casi divina, cargando con la responsabilidad de sus elecciones mientras la humanidad se enfrentaba a su futuro.